Sedište eparhije timočke nalazi se u Zaječaru, preko puta Saborne crkve.
Eparhija obuhvata istočno područje Središnje Srbije, kroz koje protiče reka Timok, po kojoj je ova eparhija i dobila svoje ime. Eparhija, zapravo, obuhvata sliv Timoka. Sa zapadne strane dotiče Crni Timok a sa južne Beli da bi se u samom Zaječaru sastali i obrazovali Veliki Timok. Pored Zaječara važni gradovi u eparhiji su Bor, Negotin i Knjaževac.
Pre oslobođenja Timočke krajine od turskog ropstva i uspostavljenja statusa eparhije, ove oblasti su bile pod duhovnom upravom, delom Vidinske mitropolije, delom Niške, a najmanjim delom Beogradske. U toku gotovo sto sedamdeset godina života Eparhije timočke, upravljalo je njome deset episkopa. Eparhija je jednom prilikom bila ukinuta, od 1886. do 1890., a u više navrata su njome administrirali episkopi susednih eparhija.
Na tronu timočkih arhijereja do sada je bilo 11 episkopa
Dositej Novaković (1834—1854)
Gerasim Stojković (1854—1865)
Evgenije Simeonović (1865—1880)
Mojsije Veresić (1880—1883)
Melentije Vujić (1891—1913)
Irinej Ćirić (1919—1921)
Emilijan Piperković (1922—1970)
Metodije Muždeka (1970—1977)
Milutin Stojadinović (1977—1992)
Justin Stefanović (od 1992-2014)
Ilarion Golubović (2014)
